Mit dem Auto Über die Autobahn A-8 liegt Noja 70 km von Bilbao, 40 km von Santander, 176 km von San Sebastián und 115 km von Frankreich entfernt; 158 km von Burgos, 233 km von Palencia, 281 km von Valladolid, 312 km von León, 309 km von Soria und 425 km von Segovia.
Mit dem Bus Die Buslinien, die Noja mit den umliegenden Dörfern und Städten verbinden sind von der Gesellschaft ALSA (Tel. +34 942 221 685). Folgende Strecken werden angeboten: SANTANDER-NOJA, LAREDO-SANTOÑA-NOJA und BILBAO-LAREDO-NOJA.
Mit dem Zug Auf der Zugstrecke SANTANDER-BILBAO liegt der nächste Bahnhof von FEVE (Tel. +34 942 211 687) in Beranga, nur knappe 10 km entfernt.
Mit dem Flugzeug Die nächsten Flughäfen sind: PARAYAS (SANTANDER), 40 km entfernt. Tel. +34 942 202 100. LA PALOMA (BIZKAIA), 70 km entfernt. Tel. +34 902 353 570.